蔡元培主讲伦理学，在讲课中大力提倡民权、女权，&uot;🜟公言革命无所忌&uot;。
他把返乡闭门著书的章太炎请来教国文。
章太炎在作文课上命学生们🂆🌤🀿各作本人的《本纪》一篇。&uot;本纪&uot;是中国正史中专门记载帝王生平和国家大事的一种体裁，章太炎让学生们自书《本纪》，以示对封建君主的蔑视。有的学生在《本纪》中述及自己由保皇到革命的🁐🄼🂹思想转变过程，章太炎便用自己摆脱束缚的体验来鼓励他们。
吴稚晖授课时则用严复译的《🞝🕆天演论》作为课🖻🗳本。
学社最富特色之处是学生自治制度。学生在校内享有很大的权利和⚊🏫自由。住宿生实行自治制，设有评议会，监督学校行政和学生操行。
有的高年级学生还充当🌰寻常班的教师，更促成了一种平等地氛围。学生们经常同教师一起外出参加政治活动🍝🉆🅇，学社在教育上的创举和活跃的政治风气，吸引了许多青年前来就学。
爱国学社的师生还经常在社会🞝🕆上公开进行🕰🍔政治宣传。
地处静🙹🏑安寺路（今南京西路）之南，同孚路（石门一路）之西，旧址在今泰兴路南端，有一个曾叫做张园的所在。🅠🈁在上💛💣📭个世纪二十年代前，这块地方还不是弄堂，而是繁华上海的缩影。是那个时候公认的上海私家园林之最。是游乐场，也是体育场，能办私家茶话会，也能办公开演说。这里，人们甚至可以乘坐过山车。
张园安垲第大洋房是张园的地标性建筑，爱国学社的🄄🞐📗师生每月都要到张园安垲第演说一次。与会演说者都极力主张革命，以吴稚晖的演说最具🂫👳🌾风采。章太炎有时并不😉⛌🙂演说，只是大叫&uot;革命，革命，只有革命&uot;，同样博得听众们热烈欢迎。
爱国学社还附🗴☑设蒙学堂，创立童子会，出刊《🖻🗳童子世界》。东京留日学生组成拒俄义勇队后，爱国学社社员也准备组织。恰好南京陆师学堂发生学潮，退学学生章行严（士钊）、林砺来沪联系加入。
不久，陆师学生四十余人都编入爱📖🚷国学社学籍，在校成立军国民教育会，开始进行军事操练。36岁的蔡元培脱🜕🁿去长衫，与学生🈵🂬共同操练，躬身实践其“尚武求强”的主张。
学社与其是学校，不如说是鼓动革命的机关，事实上也确为为辛🜟亥革命培养了众多的革命战士。
蔡元培曾经回忆说“自组织爱国学社，我已离开公学🄄🞐📗为学社教员。那时候同任教员吴稚晖、📤🜳章太炎诸君，都喜言革命，并在张园开演说会，凡是来会演说的人，都是讲排满革命的。我在南洋公学时，所评改之日记及月课，本已倾向于民权女权的提倡，及到学社，受热烈环境的影响，遂以公言革命无所忌。”
又回忆说“自36岁(1902年)以后，我已决意参加革命工作。觉得革命自有两途一是暴动，一是暗杀。在爱国学社中竭力助成军事训练，算是下暴动的种子。又以暗杀于女子更为相宜，于爱国女学，预备下暗杀的种子。”
1904年底，蔡元培联络江浙一带的同志，一起成立了近代中国近代史上赫🟦🞋赫有名的反清革命组织光复会，蔡元培被推举为会长。
光复会又名🏏🙆复古会。1903年（📖🚷光绪二十九年）冬，由王嘉伟、蒋尊簋、陶成章、魏兰、龚宝铨等人在东京酝酿。次年初又经陶成章、魏兰回上海与蔡元培商议，至同年11月，以龚宝铨组织的军国民教育会暗杀团为基础，在上海正式成🚦🕤立。
该会的主张除文字宣传🌰外，更以暗杀和暴动为主要革命手段。光复会🐶🄗积极联络会党、策动新军，主要活动范围在上海、浙江、江苏、安徽等地。
光复会是辛亥革命时🜆期中国🂆🌤🀿的三大革命组织之一(其他两个是同盟会、华兴会)。总部设在上海新闸路仁和里，后迁三马路保安里。
光复会的入会誓词是“🌰光复汉族，还我河山，以身许🄄🞐📗国，功成身退！”
蔡元培的学生俞子夷回忆说🂆🌤🀿“将近寒假前，蔡师与我谈起组织问题，他提示几点纲要，嘱我起草一种章程，会名定‘光复’🔧🂾，以示光复我们汉族祖国之意……章程以外，有一套通信用的暗语，多以商业中词汇语句作代，例如‘销路畅’代‘工💼作顺利’，‘生意不好’代‘情势不利’之类。成员亦各有一类似店号的代用姓名，例如我的代号是‘怡康’。
“更有一套相见时探询用的暗语，例如你认识黄先生吗(是否成员)？何时认识(🂩👠参加年月)？何地认识(入♂🅡会地点)？问答时，必须做些手势，例如问答那一题时，右手伸中指，无名指，小指并置右膝上，问答另一题则须头向左看看。据说此种方式均是模仿会党的做法。从此等情况看，那时发起组织的🜂⛁光复会，是个秘密的暗杀团体。”
可见光复会在蔡元培等人的领导之下，不但有明确的纲领，而且出于革命斗争的需要💼🗌建立了颇为严密的组织纪律。